L'édit de Nantes instaure en France, pour 87 ans, une situation considérée souvent comme profondément originale et souvent célébrée comme la naissance de la tolérance en Europe. Il instaure un État catholique dans lequel le protestantisme est toléré, mais reste défavorisé. En effet, l'édit proclame le rétablissement de la religion romaine partout où elle avait cessé de s'exercer et des églises et biens ecclésiastiques à leurs premiers possesseurs alors que le culte protestant ne peut s'exercer librement partout. La recatholicisation du royaume devient alors possible. C'est ainsi qu'à partir du début du 17ème siècle Henri IV poursuit une politique favorisant clairement la réforme catholique.
Louis XIII doit faire face à de nouvelles rébellions protestantes. Elles s'expliquent facilement par le réflexe de peur d'une minorité craignant la réalisation d'un grand « dessein royal » à ses dépens. Ces révoltes touchent seulement l'Ouest et le Midi. En 1615, l'assemblée de Nîmes décide de soutenir les nobles qui s'opposent au mariage de Louis XIII avec Anne d'Autriche. En 1620, le roi se rend dans le Béarn, province majoritairement acquise à la Réforme, avec une armée. Il y rétablit le culte catholique selon les termes de l'édit de Nantes. La conséquence en est le soulèvement des protestants en mai 1621 par la première des rébellions huguenotes. Le conflit est marqué par deux campagnes de Louis XIII dans le Midi, en 1621 et 1622. Les protestants perdent 80 places fortes ; Montpellier, Millau, Nîmes, Castres et Uzès perdent la moitié de leurs fortifications. En 1625, Benjamin de Rohan, frère du chef des protestants, Henri II de Rohan, prend l'initiative d'un nouveau soulèvement, que le Languedoc suit sans enthousiasme. Il se termine par le traité de Paris signé en février 1626 qui reconduit la paix précédente. Charles Ier d'Angleterre pousse ensuite les huguenots à leur dernière grande révolte (1627-1629). Le souverain lui-même se rend en Languedoc où il prend Privas en mai 1629. L'édit de grâce d'Alès de juin 1629 pardonne la révolte, laisse aux protestants les libertés religieuses prévues par l'édit de Nantes, mais ordonne la destruction de toutes les fortifications adverses. Les assemblées politiques huguenotes sont désormais interdites. Dès lors, l'édit est interprété de manière plus restrictive : tout ce qu'il n'autorise pas est interdit. En 1680, ne subsiste que la moitié des temples de 1598, moins du tiers en 1683, le quart fin 1684.
À partir de 1678, particulièrement hostile au protestantisme, Louis XIV met en place (ou laisse s'installer, malgré quelques rappels à l'ordre de serviteurs trop zélés) une politique de conversion puis de vexation, voire de persécution. En 1681, Marillac, intendant du Poitou envoie les dragonnades forcer les familles protestantes à se convertir. En février 1682, il est désavoué et rappelé par Louvois qui craint un relâchement de la discipline militaire. Cette politique est critiquée par l'Europe protestante qui propose d'accueillir les huguenots. Enfin, en octobre 1685, Louis XIV fait paraître l'édit de Fontainebleau qui révoque l'édit de Nantes sauf dans la partie conquise de l'Alsace. Les protestants, déjà réduits en nombre depuis un siècle, sont obligés de se convertir ou de s'exiler. Des troubles éclatent au début du 18ème siècle dans les Cévennes où la population, connue sous le nom de « camisards » se révolte contre le gouvernement.
Il faut attendre les critiques des Lumières pour voir enfin l'instauration d'une véritable tolérance religieuse. En 1787, le roi Louis XVI par l'édit de Versailles accorde un état civil aux protestants, ce qui instaure le mariage civil en France. C'est seulement avec la déclaration des droits de l'homme et du citoyen de 1789 que les protestants sont pleinement réintégrés dans leurs droits civiques au sein du royaume de France. À la fin du 18ème siècle, on compte entre 500 000 et 650 000 réformés dans le royaume, guidés par quelque 150 pasteurs.
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